《无上秘要》原一百卷二百九十二品。《旧唐书·经籍志》《新唐书·艺文志》 《通志·艺文略》《宋史·艺文志》均著录为七十二卷；《崇文总目》著录仅一卷；衢本《郡斋读书志》作九十五卷，并云：“右题曰元始天尊说，《艺文志》止七十二卷，不知何时析出二十三通也。”可见唐代已有残缺，至两宋，先后有七十二卷本、一卷本、九十五卷本传世。
明《正统道藏》太平部所收为其残本，计六十七卷，实缺三十三卷。而所存诸卷中又有缺品。此本多避宋讳，可推知所据为宋本。书前有目录，止于一百卷，凡缺卷、缺品皆不录品目。正文或一卷一品，或一卷数品，或数卷一品。另《宝颜堂秘笈续集》 《丛书集成初编》《雪堂丛刻》收载该书一卷残本。
除上述刊本外，尚有敦煌唐写本。据北珍二十卷末题识，系“开元六年二月八日，沙州敦煌县神泉观道士马处幽并姪道士马抱一奉为七代先亡及所生父母、法界苍生敬写此经供养”。P.2821为写本目录，详列二百九十二品目，并分义类品例四十九科，阐释编纂次第之义理。据此可考见原书结构及《正统道藏》本所缺品目。S.80系《正统道藏》缺卷(卷十)。
该书始于《大道品》，终于《洞冥寂品》(写本作《归寂寂品》)，采撷三洞四辅之精要，分类编纂。其内容遍涉道教宇宙观、生死观、伦理政治主张、神仙信仰及修道成仙思想、规则、方法等诸方面，大致可分为如下几大部分：第一部分包括道、气、天地人物、劫运、帝王、洲国、德政、慎兵、循物丧真、善恶、众难、诸患、阴阳交隘，阐发“至道无形，混成为体”，“变无化有，皆从气立”； “气之所分，生天生地”，“众类推迁，循环不息”；“劫运交驰，部域弘广”，“惟王建国，光宅天下，布德为政，在于慎兵”；“人之禀生，各有崖限，违分广求，则乖理伤性”，以及善恶自招、运会吉凶等思想，说明大道流行和立教之根据。第二部分陈述神仙信仰，包括天曹科第、地司考录、水官料简等三界赏罚、灵官升降、众圣会议、生死、地狱、圣应和光、真灵位行、仙尊本迹及众圣冠服仪驾、歌乐宫治。
第三部分叙道教经籍图文，包括三宝真文、天瑞地应、符图章颂，经文出所、经符异名、经德、经文存废、遇经宿分、传经法度及次第等事项。第四部分言修炼方法，包括投简通灵、事师请业、修道冠服、诵经、诫、斋、宝经灵卫、封经秘所、仙相、业报、攘灾谢过、转祸成福、入道防累、修道禁忌、专诚柔弱、山居违俗，似及沐浴、入室、明灯、烧香、叩齿、咒请、起居、思五帝、修步罡、存五行、拘三魂、制七魄、安形神、守三一、疗众病、去三尸、宝一身、履三福、尽忠孝、布功德、发心启愿、辟谷、服气、咽云牙、饵玄根、行胎息、延老住年、彻视听、明六通和灵药神丹诸术。
第五部分包括观试、朝谒、得道人名、升仙灵所，以及变神景、体兼忘、会自然、归冥寂诸事项，意在体现“行穷上道、位极高真，易景通灵，陶形变质。混同物我，则天地等遗；莫识其由，则视听无寄：斯乃自然之妙旨、冥寂之玄宗。造化神途，于兹验矣”的得道成仙思想。
《无上秘要》今存残本除去同书异名外，实摘引约一百八十种道书，绝大部分为东晋以后新出道经，尤以上清、灵宝二派道士所造洞真、洞玄部经书居多。其中如《大洞正经注》《道迹经》《真迹经》《洞真太极宝籤上经》《洞真变化七十四方经》《洞真太微黄书经》《太微黄书八卷素诀》《皇人经》《隐元上经》《洞玄黄箓简文经》《灵宝斋经》《洞玄本行妙经》《虚无经》《升玄经》(即《升玄内教经》)《洞玄空洞灵章经》《洞神经》《洞神监乾经》《三皇经》《洞秘神箓经》《传授五千文箓仪》《正一法文》《正一气治图》等等，均系道藏佚书或缺文。此书引录之文，是他书少见者，弥足珍贵。此书按三洞四辅部引录经名及节文，反映出道藏三洞四辅分类结构已经形成，故国外学者誉为“六世纪的道藏”。
历史上一部分道经如《洞真太上灵书紫文上经》等，曾经离合增损，亦赖此书得以考见。书中因部分卷帙残缺而未注明出处，但仍有参考价值。例如卷八十三至卷八十五(《正统道藏》本缺第八十五卷)按得鬼官、地仙、地真、九宫、太清、太极、上清、玉清诸道顺序录列得道人名，与《真灵位业图》分鬼官、地仙、九宫、太清、太极、上清、玉清七阶位大体一致。这对考察陶弘景原书结构和南北朝神仙谱系均有参考意义。此外，本书引用的经文与明刊道藏本也有出入，可据以校订今本文句。
东晋南朝道经每多一卷短经，有的书撰于不同时代，后人据虚目合之则为一经多卷。 《无上秘要》列其卷(篇)目，这对了解道经的存佚十分方便，而对了解经符异名也很有帮助。
《无上秘要》在魏晋南北朝众多道书中堪称巨帙，具有很高的文献价值。是研究魏晋南北朝道教和道经不可或缺的参考资料，也是校勘早期道书的重要依据。法国学者劳格文编有引书索引，载于法国远东学院出版的《无上秘要：六世纪的道藏》
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