仍以千字文为函目，自杜字至缨字，得三十二函，一百八十卷。称《万历续道藏》，是为《正统道藏》的续集。正、续《道藏》合计五百一十二函，五千四百八十五卷，十二万一千五百八十九页，皆刊于内府，而板藏于京师灵佑宫，入清代以后移于大光明殿。 《正统道藏》和《万历续道藏》自万历合印后，习惯上或简称《道藏》。明刘若愚《明朝宫史》云：“道经一藏，五百十二函。”《明史·艺文志》道家类著录：“《道藏目录》四卷。
《道经》五百十二函。”即合指二书。今通行本《正统道藏》末《大明道藏经目录》四卷附有《续道藏经目录》一卷，亦系万历续刊时补入。此书末有题识：“大明万历三十五年，岁次丁未，上元吉日，正一嗣教凝诚志道阐玄弘教大真人掌天下道教事张国祥奉旨校梓，灵佑宫供奉。”《万历续道藏》所收数种道书末，皆附类似识语，时间或同此，或在二月十五日，止于缨字号《庄子翼》卷末附录前。 《万历续道藏》首收《太上中道妙法莲华经》，末收焦竑所撰《庄子翼》，共补收道书五十六种，不再分类。绝大部分为元明道书，其中以明代新出道书居多。但也有一些早出的经籍，如《上清元始变化宝真上经》一卷、《太微帝君二十四神回元经》一卷、 《北斗九皇隐讳经》一卷、《太上洞真回玄章》一卷、《上清金章十二篇》一卷等，当归洞真部；《洞玄灵宝玉京山步虚经》一卷(此书异名《升玄步虚章》《无上秘要》引作《洞玄玉京山经》)，《太上洞玄济众经》一卷，当入洞玄部；《太上老君开天经》一卷、《太上老君虚无自然本起经》一卷，当入太玄部。还收入《易林》十卷(旧题焦赣撰)、《谭子化书》六卷(紫极宫碑本)。晚出之作也很有参考价值。例如《高上玉皇本行经注》，为明五峰山全真道周玄真注，附有不少序(其中多扶乩之笔)，倡言三教同尊道，反映了当时的三教关系。《皇明恩命世录》和《汉天师世家》是研究正一道历史的重要资料；《紫皇炼度玄科》系神宵派道书； 《先天斗母奏告玄科》为清微派作品。余如《元始天尊说东岳化身济生度死拔罪解冤保命玄范诰咒妙经》《太上元阳上帝元始天尊说火车王灵官真经》《元始天尊说药王救八十一难真经》《碧霞元君护国庇民普济保生妙经》《太上大圣朗灵上将护国妙经》 《太上老君说城隍感应消灾集福妙经》《太上洞玄灵宝五显观华光本行妙经》《逍遥墟经》《徐仙翰藻》《赞灵集》《徐仙真录》《搜神记》《许真君玉匣记》《依托许逊) 《玄帝感应灵签》(前附“玄天上帝百字圣号”)《吕祖志》等，颇能反映元明时代民间道教信仰之盛况。其中《搜神记》虽编于元代，但引有《宋国朝会要》《宋真宗实录》和宋真宗亲制《灵遇记》等，对诸神仙封号大多标明时间，颇有资料价值。
《无生诀经》摘引佛教释迦牟尼及诸大师、和尚语，尤体现出道、释二教融合的趋势和道教成仙观念的转变。同时代人焦竑的《老子翼》和《庄子翼》，附录有王安石《庄子论》、苏轼《庄子祠堂记》、王雱《杂说》、李士表《庄子九论》等文章，对研究老、庄哲学均有参考价值。
《万历续道藏》亦系经折本。经板已不存。现通行本均为与《正统道藏》合印的影印本。
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