此书以“河图”为纲，开篇首列“河图”，继而解说论证。其最大特色就是把“河图”的五十五数分为本数与虚数。所谓“本数”，就是布于图之四方、四维之数，共为四十。四方即东西南北；四维即东南、东北、西南、西北。北方之数为一，东方之数为三，南方之数为九，西方之数为七，东南方之数为四，西南方之数为二，东北方之数为八，西北方之数为六。四个奇数一、三、七、九之和为二十，四个偶数二、四、六、八之和亦为二十，所以称“四方、四维共四十”。所谓“虚数”，是指居于河图中央的“天五”与“地十”。
本来，这两个数也是一奇一偶，与其他自然数并无区别。谓之“虚”，是说它们既存在，又不存在。从河图的卦位上看，东西南北均无五与十之数；再从八卦之数看，坎为一，离为九，震为三，兑为七，艮为八，乾为六，巽为四，坤为二，亦不见十与五。这就是所谓“四象无五，八卦无十”。但从八卦阴阳奇偶的内在联系看，五与十这两个“河图”之虚数又是存在的。例如，坎卦之数为一，向乾卦方向运行，成六，中含五。再如离南一数、坎北九数相合便是十。其余类推。
雷思齐把《易图通变》的“河图”之说应用到《易》学“筮法”的解释之中，认为筮法本身包含着数，数之推演就能导出河图来，这就把占筮之学与《易》的宇宙发生模式统一起来，初步具有世界统一论思想和辩证法思想。他以“图”来演示《易》的象数之学，又由此而伸发其发展的观点，较少神秘成分，对道教方术和教理的建设起了一定的推动作用。
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