书分六卷。卷一《玄门宗旨》，绘制《太极图》《中和图》《委顺图》《照妄图》等四图，配合解说全书之主旨。中心点是《太极图》所标之三教合一说，谓儒、释、道三教，派虽分三，其源则一，皆以卦象未画前之太极为本。道教之修炼金丹，就是循太极之道而逆行之，使精、气、神三物凝结为圣胎，而复归无极。为表此意，复作《太极图颂》《画前密意》以发明之。
卷二，列《金丹妙诀》《三五指南图局说》《试金石》等题。《金丹妙诀》以金丹图像阐说修丹之鼎器、药物、火候；并分述炼精化气(初关)、炼气化神(中关)、炼神还虚(上关)等三段工夫。 《三五指南图局说》借析《悟真篇》诗“三五一都三个字”之义，总述金丹生成之理。谓“丹书云：炼精化气为初关，身不动也；炼气化神为中关，心不动也；炼神还虚为上关，意不动也。……身心意合，即三家相见结婴儿也。作是见者，金丹之能事毕矣，神仙之大事至是尽矣。至于丹书种种法象，种种异名，并不外乎身心意也”。《试金石》对当时流行的种种修炼法进行分类总结，首辟旁门九品。
谓其中之“下三品”，如“御女房中，三峰采战”，“用胞衣为紫河车，炼小便为秋石”，以及“炉火烧爇五金八石(外丹)”等一千余条，为“邪道”；“中三品”如“休粮辟谷”、“吞霞采气”，“或想身中三气”等一千余条为“外道”；“上三品”如存思、吐纳、按摩、闭息行气、屈伸导引、固守丹田、服中黄气等一千余条，为“旁门”。称下三品只贪淫嗜利者行之，行中、上之品只能却病，皆非正道。次叙丹法正道——渐法、顿法。称渐法有三乘，顿法只一乘。“渐法三乘”者，下乘为安乐之道，中乘为养命之道，上乘为延生之道，是为根基浅薄者所设，以利其循序渐进者。至于顿法则为“最上一乘”，专为夙有根器者所设，据称，此法“以太虚为鼎，太极为炉，清静为丹基，无为为丹母，性命为铅汞，定慧为水火”，到“性命打成一片为丹成，身外有身为脱胎，打破虚空为了当”。就是大功告成之日。
卷三，列《问答语录》《金丹或问》《全真活法》等题。 《问答语录》为与门人谈丹道之记录，详记与弟子程安道、赵定庵之问答。为“破后人之惑”，“将丹书中精要，集成三十六条”，曰《金丹或问》，对九还、七返、三关、玄关、三宫、玄牝、炉鼎、药物等问题，作出较为明晰的解释。《全真活法》讲保全本真之要。谓“全真者，全其本真也。全精、全气、全神，谓之全真”。三全的前提是身定、心清、意诚，“精气神为三元药物，身心意为三元至要”。炼精之要在乎身，炼气之要在乎心，炼神之要在乎意。“炼精化气，所以先保其身；炼气化神，所以先保其心。身定则形固，形固则了命。心定则神全，神全则了性。身心合，性命全，形神妙，谓之丹成也”。
卷四，以两“论”、两“说”及歌十二首以阐丹道。其《性命论》谓“性之造化系乎心，命之造化系乎身”；“性无命不立，命无性不存”。修炼金丹必须性命双修，才能达到“命基永固”，“性本圆明”，“至于混成圆顿，直入无为，性命双全，形神俱妙也”。《卦象论》谓“丹书用卦用爻者，盖欲学者法象安炉，依爻进火，易为取则也”。白玉蟾告诫后人“不可泥于爻象”，故云“上品丹法无卦爻”。两“说”有《死生说》和《动静说》。前者谓“一切念虑都属阴趣，一切幻缘都属魔境”，要“于平常——境界觑得破，打得彻，不为物眩，不被缘牵”，久之，“念虑绝则阴消，幻缘空则魔灭，积习久久，阴尽阳纯，是谓仙也”。后者谓天动地静为天道之常，修道之要在于“效天法地”，“一动象天，一静象地，身心俱静，天地合也”；“心法天故清，身法地故静”， “人能常清静，天地悉皆归”。歌有《原道歌》《炼虚歌》《破惑歌》等十二首，其《炼虚歌》序谓“虚者大道之体，天地之始，动静自此出，阴阳由此运，是故虚者天下之大本也”。歌云：“为仙为佛与为儒，三教单传一个虚，亘古亘今超越者，悉由虚里做工夫。”
《破惑歌》破“三峰采战”等邪术。卷五，诗四十九首，卷六，词五十八首，外《隐语》二篇，皆杂论性命及内丹之旨。其中又多合一三教之篇什，如《满江红》一首述“三教一理”，前半阕云：“三教正传，这蹊径元来蓦直。问老子机缄，至虚静极，释氏性从空里悟，仲尼理自诚中入。算始初立教，派分三，其源一。”又一首“述三教”，前两句云：“教有三门，致极处元来只一。”《隐语·教外名言》更引三教言论以证异流同源。谓“三教唯心”，学佛在乎“见性”，学道在乎“存性”，学儒在乎“尽性”。
由上可见，《中和集》所述的内丹思想核心可以概括为“中和”、“虚静”四字。认为“玄关”就是“中”，守中才能致和，致和才能导致身静心虚。持此行之，渐至身心混合，动静相须，乃至心归虚极，身入无为，动静俱忘，精凝气化。故守中是此丹法的第一要着，虚静则是它的灵魂。谓行此功法，不须筑基、炼精、炼气、炼神的渐修，只须从炼神还虚入手，即穷性尽命，一了百了。后世鉴于李道纯这种丹法所具有的特点，称之为内丹之“中派”，《中和集》则是研究这种丹法的主要资料。
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