所收十七种书，可概分为两类。一为注释。计有：《易理阐真》含《周易阐真》五卷，《孔易阐真》二卷)，《阴符经注》一卷，《参同直指》(含《参同契经文直指》三卷，《参同契直指笺注》三卷，《参同契直指三相类》二卷)，《黄庭经解》一卷， 《百字碑注》(附《黄鹤赋》)一卷，《敲爻歌直解》一卷，《悟真直指》四卷，《金丹四百字解》一卷，《无根树解》一卷，共九种。一为撰者。计有：《修真辨难》《修真后辨》各一卷，《修真九要》一卷，《通关文》二卷，《神室八法》一卷，《象言破疑》二卷，《会心集》(含《会心内集》二卷，《会心外集》二卷)，《西游原旨》一卷，《悟道录》二卷，共八种。
九种注释书中，后七种为丹经注释。前两种之一的《阴符经》，亦被刘一明视为最古之丹经，以丹道注释之，这与唐宋以后之内丹家无异。别具特色的是对《易》的注释《易理阐真》。《易》被儒家定为六经之首，一般人认其为儒家书；但刘一明认为， 《易》之“归根处，总以穷理尽性至命为学”。故断定：“《易》非卜筮之书，乃穷理尽性至命之学也。”在他看来，“丹道即易道，圣道即仙道”，①儒家易学与道教丹学是二而一者的。故他把《易》作为丹经来加以阐释。另一方面，他又认为：“丹经子书，千帙万卷，总不外易理。”②实际又把《易》作为丹经祖书之一。因此他不仅在注《易》时，以丹道解易学，以易学证丹道，而且在注释其他丹经和撰写其他丹书时，亦多以《易》学为本。丹道与《易》学的紧密结合是刘一明内丹理论的特点之一。
八种撰著书，是刘一明内丹理论和方法的直接表述。《修真辨难》(卷上)之后，又作《修真后辨》(卷下)。前者以师徒问答形式，回答了“何为道”、“阴阳何以分内外”，以及“玄关一窍”、“内药外药”、“真铅真汞”等一系列问题，“其中天道圣功，性命源流，药火是非，无不一一分晰”。③后恐前者“头绪散涣，语句冗繁，阅者不能会通一贯”，特再作后者，将内丹要领集中为二十六条，详加阐释。计有：先天精、气、神，后天精、气、神，先天真一之气，真假身心，真假性命等。《修真九要》提出修丹的九个要点与步骤，计有：勘破世事、积德修行、尽心穷理、访求真师、炼己筑基、和合阴阳、审明火候、外药了命、内药了性等，包括了“功”、“行”两方面的内容。为了使人勘破世事，又作《通关文》，将世人最难勘破的世事，概括为五十关(如色欲关、恩爱关、荣贵关、财利关等)，劝人一一勘破，以为修丹悟道的起步。从中反映出强烈的佛教思想色彩。刘一明认为修丹的根本在修心，把人心称作神室，特作《神室八法》，劝人把刚、柔、诚、信、和、静、虚、灵等八种德性作为建筑神室的材料，以为修丹的基础。从中又表现出浓厚的糅合儒家理学的色彩。《象言破疑》会合《易》理，以丹道图数十幅，配合解说修丹的义理，重要者有：象言说、顺逆说、火候说、胎中面目、婴儿面目、炼己筑基、天良真心、阴阳混合、太空虚无等题，借以“细分是非，扫旁门而指正道，息邪说而辩真宗”。④《会心集》分《内集》《外集》， 《内集》又分上、下卷，一以诗、词、歌、曲若干首，“因物书怀，就事寓意”以解说丹道；二以论说文字十余篇(如大道归一论，真正丹药伦、采取药物论、作运火候论、颠倒阴阳论等)以述内丹的具体作法。《会心外集》亦分上、下卷，同样以诗、词、歌、曲加杂文若干篇以论说丹道、杂文中再列《三教辨》，以论三教一家。《西游原旨》以“三教一家之理，性命双修之道”解说《西游记》。《悟道录》则就宇宙和人世间诸现象，拈取八十一条(如天高地厚、日照月临、雷鸣风吹、种黍种麻、松心竹节、婴儿天真、痴汉醉人等)，从中点悟出修道修丹应该汲取的道理；并写《叹道歌》七十二首，以破人迷妄，劝人入道，指斥外道，引归正道。
由上可见，《道书十二种》几乎全为刘一明的内丹著作。其中《悟道录》虽类杂著与劝世文，但主旨却是以己之“悟”劝人入道和修丹； 《西游原旨》也是杂著，但仍以三教合一与修丹思想为核心。其余各篇，或以己之丹道思想阐释丹经，或是直接阐述内丹理论和方法，是内丹著作的主体。以上各书，表现出刘一明内丹理论和方法的两大特点： (一)刘一明虽为全真龙门派道士，但其丹法理论却上承钟吕，主性命双修、先命后性，与道教南宗十分接近。他说：“修性不修命，万劫阴灵难入圣；修命不修性，犹有家财无主柄，此皆为性命双修而言也。”其丹法次第是先了命后了性，首先炼己筑基，其次“锻去后天余阴”，凝结圣胎，再进入性功，“迸出清净法身”，复归无极。这种丹法路线，是与全真道的先性后命、以性兼命大不相同的。(二)三教合一思想比其先辈更为浓厚。不仅在不少著作中作专论(如《大道归一论》《三教辨》等)阐述三教同源，而且在修炼的各个环节，诸如药物、鼎器、火候等方面，无不大量融合儒、释，特别融合理学。如他分性、命为两种：“性有天赋之性，有气质之性；命有天数之命，有道气之命。天赋之性，良知良能，具众理而应万事者也；气质之性，贤愚智不肖，秉气清浊邪正不等者也。天数之命，夭寿穷通，富贵困亨，长短不一者也；道气之命，刚健纯粹，齐一生死，永劫长存，天地不违，阴阳不拘者也。天赋之性为真，气质之性为假。道气之命为真，天数之命为假。……修道者若知修天赋之性，以化气质之性，修道气之命，以转天数之命，性命之道得矣。”⑤其承袭朱熹理学思想之迹甚明。又分身、心为两种，指人之肉身为幻化之身，心为幻化之心，是七情六欲所自出，也是丧失性命之根由。另有“真正之身”，曰“法身”，是成道之种；“真正之心”，曰“天心”，是性之所寄。只有这真正之身、心，才是修丹之基础，“知此身心，以修性命，则了性了命，易如反掌”。⑥这又明显带有佛学色彩。如此之论甚多，兹不备举。
刘一明是清乾嘉时龙门派的重要人物，对陕、甘、青影响很大，研究他的《道书十二种》，可以了解龙门派丹法的发展演变。且此丛书在论述内丹理论的同时，全面反映了刘一明的宇宙观、人生观、道德观，它又为研究龙门派的哲学思想提供了重要资料。
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